C’était le 3 janvier 2020, la chercheuse Supaporn Wacharapluesadee se tenait prête, attendant une livraison. La rumeur s’était répandue qu’une sorte de maladie respiratoire affectait les habitants de Wuhan, en Chine, et à l’approche du Nouvel An lunaire alors que de nombreux touristes chinois se rendaient en Thaïlande voisine pour fêter l’événement.
Avec prudence, le gouvernement thaïlandais a commencé à contrôler les passagers arrivant de Wuhan à l’aéroport, et quelques laboratoires sélectionnés – dont celui de Wacharapluesadee – ont été choisis pour traiter les échantillons afin d’essayer de détecter le problème.
Wacharapluesadee est une experte en matière de chasse aux virus. Elle dirige le centre des sciences de la santé de la Croix-Rouge thaïlandaise pour les maladies infectieuses émergentes à Bangkok. Au cours des dix dernières années, elle a participé à Predict, un effort mondial visant à détecter et à arrêter les maladies qui peuvent passer des animaux aux humains.
Elle et son équipe ont échantillonné de nombreuses espèces. Mais ils se sont surtout concentrés sur les chauves-souris, qui sont connues pour abriter de nombreux coronavirus.
Cette histoire est la première pièce de Stopping the Next One – notre série multimédia qui examine les maladies les plus susceptibles de provoquer la prochaine pandémie mondiale, et les scientifiques qui s’efforcent d’empêcher que cela ne se produise.
Elle et son équipe ont réussi à comprendre la maladie en quelques jours seulement, en détectant le premier cas de Covid-19 en dehors de la Chine. Ils ont découvert qu’en plus d’être un nouveau virus qui ne provient pas de l’homme, il était plus étroitement lié aux coronavirus qu’ils avaient déjà trouvés chez les chauves-souris.
Grâce à ces premières informations, le gouvernement a pu agir rapidement pour mettre en quarantaine les patients et conseiller les citoyens. Bien que la Thaïlande soit un pays de près de 70 millions d’habitants, au 3 janvier 2021, elle avait enregistré 8 955 cas et 65 décès.
La prochaine menace
Mais alors même que le monde est aux prises avec Covid-19, Wacharapluesadee se tourne déjà vers la prochaine pandémie.
L’Asie connaît un nombre élevé de maladies infectieuses émergentes. Les régions tropicales ont une riche biodiversité, ce qui signifie qu’elles abritent également un grand nombre d’agents pathogènes, augmentant ainsi les chances qu’un nouveau virus puisse émerger.
L’augmentation des populations humaines et des contacts entre les hommes et les animaux sauvages dans ces régions augmente également le facteur de risque.
Au cours de leur carrière, Wacharapluesadee et ses collègues ont découvert de nombreux nouveaux virus en échantillonnant des milliers de chauves-souris. Ils ont surtout trouvé des coronavirus, mais aussi d’autres maladies mortelles qui peuvent se propager à l’homme.
Le taux de mortalité des Nipah varie entre 40 % et 75 %
Il s’agit notamment du virus Nipah. Les chauves-souris frugivores sont son hôte naturel. “C’est une préoccupation majeure car il n’y a pas de traitement… et un taux de mortalité élevé est causé par ce virus”, déclare Wacharapluesadee. Le taux de mortalité pour Nipah varie de 40% à 75%, selon l’endroit où l’épidémie se produit.
Elle n’est pas la seule à s’inquiéter. Chaque année, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) passe en revue la longue liste des agents pathogènes susceptibles de provoquer une urgence de santé publique afin de décider de l’ordre de priorité de ses fonds de recherche et de développement.
Elle se concentre sur ceux qui présentent le plus grand risque pour la santé humaine, ceux qui ont un potentiel épidémique et ceux pour lesquels il n’existe aucun vaccin.
Le virus Nipah figure dans leur top 10. Et comme un certain nombre d’épidémies se sont déjà produites en Asie, il est probable que nous n’ayons pas vu la dernière.
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles le virus Nipah est si sinistre. La longue période d’incubation de la maladie (jusqu’à 45 jours dans un cas) signifie qu’un hôte infecté, ignorant qu’il est malade, a de nombreuses possibilités de le propager.
Il peut infecter un large éventail d’animaux, ce qui rend la possibilité de propagation plus probable. Elle peut être attrapée par contact direct ou en consommant des aliments contaminés.
Une personne atteinte du virus Nipah peut présenter des symptômes respiratoires, notamment une toux, un mal de gorge, des douleurs et de la fatigue, et une encéphalite, un gonflement du cerveau qui peut provoquer des convulsions et la mort. On peut dire sans risque que c’est une maladie que l’OMS voudrait empêcher de se propager.
L’exposition est partout
C’est le premier jour de Battambang, une ville située sur la rivière Sangkae au nord-ouest du Cambodge. Le marché du matin commence à 5 heures, des motos passent devant les acheteurs, soulevant la poussière dans leur sillage. Des chariots empilés en hauteur avec des marchandises et couverts de draps colorés sont perchés à côté d’étals de fortune vendant des fruits difformes.
Les gens du coin entrent et sortent des stands, les sacs en plastique gonflant avec leurs achats. Des dames âgées portant des chapeaux à larges bords s’accroupissent sur des couvertures couvertes de légumes à vendre.
En d’autres termes, c’est un marché matinal assez normal. C’est-à-dire jusqu’à ce que vous vous leviez la tête.
Des milliers de chauves-souris frugivores sont tranquillement accrochées dans les arbres au-dessus, déféquant et urinant sur tout ce qui passe en dessous d’elles. En y regardant de plus près, les toits des étals du marché sont couverts de fèces de chauves-souris.
“Les gens et les chiens errants marchent sous les perchoirs exposés à l’urine des chauves-souris tous les jours”, explique Veasna Duong, chef de l’unité de virologie du laboratoire de recherche scientifique de l’Institut Pasteur à Phnom Penh et collègue et collaboratrice de Wacharapluesadee.
Le marché de Battambang est l’un des nombreux endroits où Duong a identifié les chauves-souris frugivores et autres animaux entrant quotidiennement en contact avec les humains au Cambodge. Toute possibilité pour les humains et les chauves-souris frugivores de se rapprocher les uns des autres est considérée comme une “interface à haut risque” par son équipe, ce qui signifie qu’un débordement est très possible. “Ce type d’exposition pourrait permettre au virus de muter, ce qui pourrait provoquer une pandémie”, explique M. Duong.
Malgré les dangers, les exemples de proximité sont innombrables. “Nous observons des chauves-souris frugivores ici et en Thaïlande, dans les marchés, les lieux de culte, les écoles et les lieux touristiques comme Angkor Vat – il y a un grand nombre de chauves-souris là-bas”, dit-elle.
Dans une année normale, Angkor Vat accueille 2,6 millions de visiteurs : cela représente 2,6 millions d’occasions pour le virus Nipah de passer des chauves-souris aux humains chaque année en un seul endroit.
De 2013 à 2016, Duong et son équipe ont lancé un programme de suivi GPS pour mieux comprendre les chauves-souris frugivores et le virus Nipah, et pour comparer les activités des chauves-souris cambodgiennes à celles des chauves-souris d’autres régions à risque.
Deux de ces régions sont le Bangladesh et l’Inde. Ces deux pays ont connu des épidémies du virus Nipah dans le passé, qui sont probablement liées à la consommation de jus de palmier dattier.
La nuit, les chauves-souris infectées s’envolaient vers les plantations de palmiers dattiers et buvaient le jus qui s’écoulait de l’arbre. Pendant qu’elles festoyaient, elles urinaient dans le pot de collecte. Le lendemain, d’innocents habitants de la région ramassaient le jus de leur vendeur de rue, l’aspiraient et étaient infectés par la maladie.
Entre 2001 et 2011, 11 épidémies différentes de Nipah au Bangladesh ont été détectées chez 196 personnes, dont 150 sont décédées.
Le jus de palmier dattier est également populaire au Cambodge, où Duong et son équipe ont découvert que les chauves-souris du Cambodge volent loin – jusqu’à 100 km chaque nuit – pour trouver des fruits. Cela signifie que les hommes de ces régions doivent s’inquiéter non seulement d’être trop près des chauves-souris, mais aussi de consommer des produits que les chauves-souris pourraient avoir contaminés.
Duong et son équipe ont également identifié d’autres situations à haut risque. Les excréments de chauve-souris (appelés guano) constituent un engrais populaire au Cambodge et en Thaïlande. Dans les zones rurales où les possibilités de travail sont rares, la vente des excréments de chauve-souris peut être un moyen vital de gagner sa vie.
Duong a identifié de nombreux endroits où la population locale encourageait les chauves-souris frugivores, également appelées renards volants, à se percher à proximité de leur maison pour pouvoir collecter et vendre leur guano.
Mais beaucoup de récolteurs de guano n’ont aucune idée des risques qu’ils courent en le faisant. “Soixante pour cent des personnes que nous avons interrogées ne savaient pas que les chauves-souris transmettent des maladies. Il y a encore un manque de connaissances”, dit Duong.
De retour au marché de Battambang, Sophorn Deun vend des œufs de canard. Lorsqu’on lui demande si elle a entendu parler du virus Nipah, l’une des nombreuses maladies à risque dont les chauves-souris pourraient être porteuses, elle répond : “Jamais. Les villageois ne sont pas dérangés par les renards volants, je n’ai jamais été malade à cause d’eux”.
Eduquer les habitants sur les menaces qui pèsent sur les chauves-souris devrait être une initiative majeure, estime Duong.
Changer le monde
Éviter les chauves-souris a peut-être été simple à un moment de l’histoire de l’humanité, mais à mesure que notre population augmente, les humains modifient la planète et détruisent les habitats sauvages pour répondre à la demande croissante de ressources. Ce faisant, il favorise la propagation des maladies.
“La propagation de ces agents pathogènes [zoonotiques] et le risque de transmission s’accélèrent avec… les changements d’utilisation des terres tels que la déforestation, l’urbanisation et l’intensification agricole”, écrivent les auteurs Rebekah J White et Orly Razgour dans une revue de l’Université d’Exeter sur les maladies zoonotiques émergentes, publiée en 2020.
Soixante pour cent de la population mondiale vit déjà dans les régions de l’Asie et du Pacifique, et l’urbanisation rapide se poursuit. Selon la Banque mondiale, près de 200 millions de personnes se sont déplacées vers les zones urbaines d’Asie de l’Est entre 2000 et 2010.
La destruction des habitats des chauves-souris a causé des infections par le Nipah dans le passé
La destruction des habitats des chauves-souris a causé des infections par le Nipah dans le passé. En 1998, une épidémie du virus Nipah en Malaisie a tué plus de 100 personnes. Les chercheurs ont conclu que les incendies de forêt et la sécheresse locale avaient délogé les chauves-souris de leur habitat naturel et les avaient forcées à se diriger vers les arbres fruitiers – des arbres qui poussent dans les mêmes fermes que les porcs.
Sous l’effet du stress, il a été démontré que les chauves-souris répandent davantage de virus. Le fait d’être obligées de se déplacer et d’être en contact étroit avec une espèce avec laquelle elles n’interagissent normalement pas a permis au virus de passer des chauves-souris aux porcs, puis aux agriculteurs.
L’Asie abrite près de 15 % des forêts tropicales du monde, mais la région est également un point chaud de la déforestation. Le continent est l’un des plus touchés par la perte de biodiversité dans le monde. Elle est due en grande partie à la destruction des forêts en plantations pour des produits comme l’huile de palme, mais aussi à la création de zones résidentielles et d’espaces pour le bétail.
Les chauves-souris frugivores ont tendance à vivre dans des régions de forêts épaisses avec beaucoup d’arbres fruitiers pour leur alimentation. Lorsque leur habitat est détruit ou endommagé, elles trouvent de nouvelles solutions, comme le perchoir d’une maison ou les tourelles crevassées d’Angkor Vat.
“La destruction de l’habitat des chauves-souris et l’interférence des humains par la chasse poussent les renards volants à chercher d’autres perchoirs”, explique Duong. Il est probable que les chauves-souris que l’équipe de Duong a surveillées en parcourant jusqu’à 100 km par nuit pour trouver des fruits le font parce que leur habitat naturel n’existe plus.
Mais les chauves-souris, nous le savons maintenant, sont porteuses de plusieurs maladies graves – Nipah et Covid-19, mais aussi Ebola et Sars.
Devrions-nous nous contenter d’éradiquer les chauves-souris ? Non, à moins que nous ne voulions aggraver les choses, déclare Tracey Goldstein, directrice du One Health Institute Laboratory et directrice du laboratoire du Predict Project.
Les chauves-souris jouent un rôle écologique extrêmement important – Tracey Goldstein
“Les chauves-souris jouent un rôle écologique extrêmement important”, explique M. Goldstein. Elles pollinisent plus de 500 espèces de plantes. Elles aident également à contrôler les insectes, jouant un rôle extrêmement important dans la lutte contre les maladies chez l’homme, par exemple en réduisant la malaria grâce à la consommation de moustiques, explique M. Goldstein.
“Ils jouent un rôle extrêmement important dans la santé humaine”.
Elle souligne également qu’il a été démontré que l’abattage des chauves-souris est préjudiciable du point de vue de la maladie. “Ce qu’une population fait quand son nombre diminue, c’est d’avoir plus de bébés – cela rendrait [un humain] plus susceptible.
En tuant des animaux, vous augmentez le risque, car vous augmentez le nombre d’animaux qui excrétent le virus”, dit directrice du One Health Institute Laboratory et directrice du laboratoire du Predict Project.
Trouver des réponses, créer des questions
Pour autant de réponses que Duong et son équipe trouvent, d’autres questions surgissent sans cesse. L’une d’entre elles est la suivante : pourquoi le Cambodge n’a-t-il pas encore connu d’épidémie du virus Nipah, compte tenu de tous les facteurs de risque ? Est-ce une question de temps, ou les chauves-souris frugivores cambodgiennes sont-elles légèrement différentes des chauves-souris frugivores malaisiennes, par exemple ? Le virus au Cambodge est-il différent de celui de la Malaisie ? La manière dont les humains interagissent avec les chauves-souris est-elle différente dans chaque pays ?
L’équipe de Duong s’efforce de trouver les réponses, mais elle ne sait pas encore.
Bien sûr, l’équipe de Duong n’est pas la seule à se pencher sur ces questions. La chasse aux virus est un effort de collaboration mondial de grande envergure, dans lequel des scientifiques, des vétérinaires, des écologistes et même des scientifiques citoyens font équipe pour comprendre les maladies auxquelles nous sommes confrontés et comment éviter une épidémie.
Lorsque Duong prélève un échantillon de chauve-souris et trouve le virus Nipah, il l’envoie à David Williams, chef du groupe de diagnostic des laboratoires de maladies d’urgence du Centre australien de préparation aux maladies.
Le virus Nipah étant si dangereux – il est considéré par les gouvernements du monde entier comme ayant un potentiel bioterroriste – seule une poignée de laboratoires à travers le monde sont autorisés à le cultiver et le stocker.
Le laboratoire de Williams est l’un d’entre eux. Son équipe compte parmi les plus grands experts mondiaux du virus Nipah, et a accès à une vaste gamme d’outils de diagnostic qui ne sont pas disponibles dans la plupart des laboratoires.
Vêtus de combinaisons de confinement hermétiques, ils sont capables de cultiver une plus grande quantité du virus très dangereux à partir d’un échantillon minuscule, puis, en travaillant avec une charge plus importante, d’effectuer des tests pour comprendre comment il est répliqué, transmis et comment il provoque la maladie.
C’est toute une opération pour en arriver là : d’abord, Duong recueille l’urine de chauve-souris en étalant une bâche en plastique sous un perchoir à chauve-souris au Cambodge. Cela évite d’avoir à attraper les chauves-souris, ce qui peut être traumatisant pour elles. Il ramène ses échantillons au laboratoire, les décante dans des tubes, les étiquette et les emballe en toute sécurité dans des boîtes réfrigérantes.
Ils sont ensuite acheminés par avion jusqu’en Australie, où les échantillons de virus passent la douane afin d’obtenir les licences et permis nécessaires.
Ils finissent par arriver au laboratoire de Williams. Après les tests, il partagera les résultats avec Duong, de retour au Cambodge. Je demande à Williams si la construction d’autres laboratoires de haute sécurité comme le sien à travers le monde pourrait accélérer la détection des maladies dangereuses.
“Potentiellement oui, en mettant plus de laboratoires biosécurisés dans des endroits comme le Cambodge qui pourraient accélérer la caractérisation et le diagnostic de ces virus”, dit-il. “Mais leur construction et leur entretien sont coûteux. Souvent, c’est l’élément limitant”.
Le financement des travaux menés par Duong et Wacharapluesadee a été inégal dans le passé. L’administration Trump a laissé le programme Predict, d’une durée de dix ans, expirer, bien que le président élu des États-Unis, Joe Biden, ait promis de le rétablir.
Pendant ce temps, Wacharapluesadee dispose de fonds pour une nouvelle initiative appelée “Thai Virome Project”, une collaboration entre son équipe et le département gouvernemental des parcs nationaux, de la faune et de la flore en Thaïlande.
Cela lui permettra de prélever des échantillons d’un plus grand nombre de chauves-souris et d’une plus grande variété d’animaux sauvages afin de comprendre les maladies qu’ils abritent et les menaces pour la santé humaine.
Duong et son équipe sont à la recherche de fonds pour leur prochain voyage de détection des agents pathogènes, afin de soutenir la surveillance continue des chauves-souris au Cambodge et de comprendre s’il y a eu des infections humaines non signalées jusqu’à présent.
Ils n’ont pas encore réussi à obtenir l’argent nécessaire pour poursuivre leur travail sur le virus Nipah. Sans cela, disent-ils, une épidémie potentiellement catastrophique est plus probable.
“La surveillance à long terme nous aide… à informer les autorités à mettre en place des mesures préventives et à éviter les retombées non détectées qui provoqueraient une plus grande épidémie”, explique M. Duong.
Et sans une formation continue, les scientifiques pourraient ne pas être capables d’identifier et de caractériser rapidement les nouveaux virus, comme l’a fait Wacharapluesadee avec Covid-19 en Thaïlande. Ces informations sont nécessaires pour commencer à travailler sur un vaccin.
Lorsque nous avons parlé en juin 2020 par appel vidéo, j’ai demandé si Wacharapluesadee était fière de la remarquable réussite de son équipe. “Fière ?” m’a-t-elle répondu. “Oui, je suis fière.
“Mais le projet Predict était un exercice sur la façon de diagnostiquer de nouveaux virus à partir d’animaux sauvages. Donc, mon équipe et moi avons trouvé le génome du coronavirus pathogène, ce n’est pas une trop grande surprise, grâce au projet de recherche. Cela nous a permis d’acquérir beaucoup d’expérience. Il a renforcé nos capacités”, a-t-elle déclaré.
Duong et Wacharapluesadee espèrent continuer à collaborer pour combattre le virus Nipah en Asie du Sud-Est, et les deux ont rédigé ensemble une proposition pour la surveillance du virus Nipah dans la région. Les deux prévoient de la soumettre à la Defense Threat Reduction Agency, une organisation gouvernementale américaine qui finance des travaux visant à réduire les menaces posées par les agents de maladies infectieuses, une fois que la crise du Covid-19 se sera calmée.
En septembre 2020, j’ai demandé à Wacharapluesadee si elle pense pouvoir arrêter la prochaine pandémie. Elle était assise dans son bureau en blouse blanche, après avoir traité des centaines de milliers d’échantillons pour tester le Covid-19 au cours des derniers mois – bien au-delà de la capacité habituelle de son laboratoire au cours d’une année plus habituelle.
Malgré tout, un sourire se dessinait sur son visage. “Je vais essayer”, dit-elle.
Source: bbc.com
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